孤独之旅的小说结构分为三个部分:

1、第一部分:交代故事发生的背景，写出杜小康放鸭的原因

2、第二部分:写杜小康父子俩到达目的地前的所见、所闻、所感及他们安家芦苇荡。

3、第二部分:写杜小康在异地所感受到的孤独及所经历的一次磨难。

本文通过对杜小康因失学而不得已随父亲放鸭的孤独之旅的记叙，表现了主人公在饱受精神寂寞和恶劣自然环境折磨的过程中一天天长大、坚强的心路历程。